In den Zahnwurzeln befinden sich die Wurzelkanäle. Sie enthalten Blutgefäße und den Zahnnerv, der an der Wurzelspitze in den Kiefer übergeht. Die Wurzelkanäle sind von dem Dentin und der äußersten Schicht, dem Wurzelzement, umgeben. Die Verankerung des gesamten Zahnes im Kiefer findet über Haltefasern statt, die das Wurzelzement mit dem Knochenfach (Alveole) verbinden.
Jede Wurzel besitzt in der Regel einen Kanal. Allerdings gibt es zahlreiche anatomische Variationen:
Diese anatomischen Variationen werden bei der Erfolgsprognose berücksichtigt. Zum einen erschweren sie die Zugänglichkeit für die Instrumente und zum anderen können trotz effizienter Wurzelfüllung Nischen zurückbleiben, in denen sich die entzündungsverursachenden Bakterien weiter vermehren. Dadurch kann eine Entzündung des Knochengewebes an der Wurzelspitze (apikale Ostitis) bestehen bleiben oder sich eine chronische Parodontitis entwickeln, durch die sich der Zahn lockern kann.
Häufig hält die Immunabwehr die Bakterien lange Zeit „in Schach“ und nicht immer ist eine Entzündung an der Wurzelspitze schmerzhaft. Ist das Immunsystem jedoch z. B. durch eine weitere Erkrankung geschwächt, kann eine chronische Form der Entzündung in eine akute schmerzhafte übergehen. In manchen Fällen ist es sinnvoll, die Wurzelkanalbehandlung erneut durchzuführen. Eine Alternative kann auch die Wurzelspitzenresektion sein, bei der der äußere Teil der Wurzelspitze chirurgisch entfernt wird.
Ob eine Entzündung an der Wurzelspitze letztendlich geheilt werden kann, hängt davon ab, ob eine effiziente Beseitigung der Bakterien möglich ist und die Wurzelkanäle dicht gefüllt werden können.